El 8 de septiembre de 2021, la Universidad Cardenal Stefan Wyszyński (UKSW) de Varsovia y el Seminario Teológico de Gdańsk en Oliwa firmaron un acuerdo para intensificar la cooperación.
En virtud del acuerdo, los alumnos del Seminario Teológico de Gdańsk obtendrán el estatus de estudiantes de Teología en la Facultad de Teología UKSW. Por otro lado, el Seminario conservará su identidad organizativa y jurídica actuando conforme a su propio estatuto en la realización de las actividades de formación. Las clases relacionadas con los estudios teológicos, como antes, se llevarán a cabo en los edificios del seminario según su propio horario.
El Seminario Teológico de Gdańsk está afiliado a la Facultad de Teología UKSW desde 2004.