La Universidad de Gdansk es una de las 20 universidades polacas calificadas para el programa «Iniciativa de excelencia: una universidad de investigación». El objetivo del programa es seleccionar y apoyar a las universidades que quieran alcanzar el estatus de una universidad de investigación y competir eficazmente con los mejores centros académicos de Europa y del mundo.
En el programa participan las universidades que lograron mejores resultados en la evaluación de investigación y didáctica. Además, ninguna de las carreras ofrecidas por la universidad puede tener una evaluación negativa del Comité de Acreditación de Polonia.
La selección de universidades de investigación es uno de los aspectos más importantes de la reforma de la educación superior, introducida por la nueva ley sobre educación superior.