Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego we współpracy z Narodowym Centrum Badań i Rozwoju od 2017 roku prowadzi jeden z największych projektów dotyczących szkolnictwa wyższego „Zintegrowane Programy Uczelni”. Na ten cel przeznaczono miliard złotych. Konkurs jest realizowany w ramach 3 ścieżek dostosowanych do wielkości i potencjału uczelni.

W ramach „Zintegrowanych Programów Uczelni” wicepremier, minister nauki i szkolnictwa wyższego Jarosław Gowin wręczył 26 lutego 2018 roku symboliczne czeki rektorom siedmiu krakowskich uczelni publicznych: Akademii Górniczo-Hutniczej, Akademii Wychowania Fizycznego, Akademii Sztuk Pięknych, Uniwersytetu Jagiellońskiego, Uniwersytetu Pedagogicznego, Uniwersytetu Rolniczego oraz Politechniki Krakowskiej. W sumie otrzymały one ponad 121 mln złotych.

Dotychczas rozstrzygnięto konkursy w ramach dwóch ścieżek Programu adresowanych do największych uczelni oraz publicznych i niepublicznych szkół wyższych średniej wielkości. W ramach tych ścieżek rozdysponowano 605 milionów złotych. W marcu 2018 roku zostanie rozstrzygnięty konkurs w ramach pierwszej ścieżki programu, w której mogły wziąć udział publiczne i niepubliczne uczelnie, które kształcą co najmniej 200 osób i uzyskały pozytywną ocenę kształcenia Państwowej Komisji Akredytacyjnej.

Celem projektu „Zintegrowane Programy Uczelni” jest między innymi: zwiększanie doskonałości dydaktycznej, polepszenie współpracy między nauką a biznesem oraz zwiększenie umiędzynarodowienia czy zmiana struktury organizacyjnej. Te cele mogą wynikać z konkretnych potrzeb rozwojowych, mogą być odpowiedzią na deficyty, które zostały obnażone przez nowy algorytm, mogą też pomóc pozycjonować się poszczególnym uczelniom w kontekście planowanego wraz z przyjęciem ustawy o nauce i szkolnictwie wyższym wyraźnego zróżnicowania uczelni – podkreślał wicepremier Jarosław Gowin w maju 2017 roku, kiedy ogłaszał start programu.